För att stärka samarbetet och främja utveckling av Trafik Stockholm, bestämde man år 2020 att dela in Trafik Stockholm i två verksamhetsgrenar: den operativa verksamhetsgrenen och den strategiska verksamhetsgrenen.

Inom Trafik Stockholms strategiska verksamhetsgren samarbetar Trafikverket, Stockholm stad, Nacka kommun och Trafikförvaltningen med utvecklingsprojekt och förbättringsåtgärder som stärker den operativa verksamhetsgrenen och på så sätt trafikläget. Inom den strategiska verksamhetsgrenen, även kallad utvecklingssamverkan, finns det sex grupper indelade efter fokusområden: kommunikation, anläggningsövervakning, transportsystem, störningshantering, koordinering och trafikinformation.

Grupperna består av representanter från medverkande parter och arbetar med att hitta strategiska förbättringar för det partsgemensamma samarbetet. Det sker en kontinuerlig uppföljning till chefsforum, som är Trafik Stockholms högst beslutande organ och består av representanter från alla samverkande parter.